Investigadores de la Universidad de California en San Diego han publicado nuevas directrices que podrían ayudar a los científicos a mejorar significativamente sus resultados al medir las interacciones entre el ADN y las proteínas. Comprender estas interacciones es importante para nuestra comprensión de la biología humana en general y puede ayudar a los científicos a desarrollar nuevos tratamientos para una amplia gama de enfermedades, incluidos muchos cánceres.
Los investigadores se centraron en la normalización de picos, una técnica de biología molecular ampliamente utilizada que ayuda a garantizar resultados precisos y confiables. La normalización de picos implica agregar una cantidad conocida de cromatina (ADN y proteínas asociadas) a una muestra antes de estudiarla, lo que ayuda a los investigadores a comparar varias muestras entre sí para detectar diferencias. La normalización de picos es particularmente útil para comparar dos condiciones, como evaluar el efecto de un fármaco (tratado versus no tratado) o una mutación o eliminación en un gen clave (comparando normal versus mutante).
Al explorar conjuntos de datos disponibles públicamente que utilizan la normalización de picos, los investigadores pudieron identificar situaciones comunes en las que se abusa fácilmente de la normalización de picos y donde las medidas de control de calidad adicionales y otras técnicas de “cincha” pueden mejorar los resultados o evitar interpretaciones erróneas. Al volver a analizar estos datos y realizar experimentos adicionales propios, el equipo pudo elaborar una lista de nueve recomendaciones clave para los investigadores que utilizan la normalización de picos que podrían aumentar en gran medida la precisión de sus resultados. Estas medidas incluyen garantizar pasos consistentes de control de calidad, seguir las mejores prácticas para el análisis computacional y validar los resultados con otras técnicas de análisis.
“Muchos estudios han utilizado la normalización de picos y nuestros resultados ponen en duda las conclusiones biológicas extraídas de este método”, dijo el autor principal Alan Goren, Ph.D. “Nuestras recomendaciones pueden ayudar a explicar algunas de las deficiencias de la normalización de los picos para que aún podamos aprovechar los beneficios de esta valiosa técnica”.
El estudio fue publicado el 13 de septiembre de 2024. Naturaleza Biotecnología y dirigido por Lauren Patel y Yuwei Cao en UC San Diego y Eric Mendenhall, Ph.D. En el Instituto Hudson Alpha de Biotecnología. El estudio fue codirigido por Alon Goren, Ph.D. y Christopher Benner, Ph.D., ambos profesores asociados del Departamento de Medicina de la Facultad de Medicina de UC San Diego.